หลักการพื้นฐานของความร่วมมือ
ประเทศสมาชิกอาเซียนได้ ยอมรับในการปฏิบัติตามหลักการพื้นฐานในการดำเนินความสัมพันธ์ระหว่างกัน อันปรากฏอยู่ในสนธิสัญญาไมตรีและความร่วมมือในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียง ใต้ (Treaty of Amity and Cooperation in Southeast Asia หรือ TAC) ซึ่งประกอบด้วย
โครงสร้างองค์การของอาเซียน
องค์กรสูงสุดของอาเซียนคือ ที่ประชุมสุดยอดอาเซียนหรือที่ประชุมของประมุขหรือหัวหน้ารัฐบาลของประเทศ สมาชิกอาเซียน (ASEAN Summit) โดยจะมีที่ประชุมรัฐมนตรีต่างประเทศ (ASEAN Ministerial Meeting) และที่ประชุมรัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียน (ASEAN Economic Ministers Meeting) เป็นองค์กรระดับรอง และอาจมีที่ประชุมระดับรัฐมนตรีด้านอื่นๆ ด้วย การประชุมระดับผู้นำและรัฐมนตรีถือเป็นองค์กรระดับนโยบายชั้นสูง รองลงมาจะเป็นที่ประชุมระดับเจ้าหน้าที่อาวุโส หรือระดับปลัดกระทรวง (Senior Officials Meeting -SOM) ทำหน้าที่กำหนดนโยบาย และเร่งรัดการดำเนินการตามนโยบายของที่ประชุมระดับผู้นำและระดับรัฐมนตรี ส่วนที่ประชุมคณะกรรมการประจำอาเซียน (ASEAN Standing Committee -ASC) ซึ่งประกอบด้วยอธิบดีกรมอาเซียนของประเทศสมาชิก จะทำหน้าที่กำหนดแนวทาง และเร่งรัดการดำเนินการตามมติที่ประชุมสุดยอดอาเซียนและที่ประชุมระดับ รัฐมนตรี รวมทั้งให้ความเห็นชอบโครงการความร่วมมือด้านต่างๆ ภายในอาเซียนและระหว่างอาเซียนกับประเทศคู่เจรจา ตลอดจนรับทราบผลการดำเนินงานของสำนักเลขาธิการอาเซียน ทั้งนี้ อาเซียนจะตัดสินใจในเรื่องใดๆ โดยใช้ฉันทามติ
นอกจากนี้ ยังมีคณะกรรมการอาเซียนในประเทศที่สาม (ASEAN Committee in Third Countries) ซึ่งประกอบด้วยเอกอัครราชทูตของประเทศสมาชิกอาเซียนในประเทศคู่เจรจาทั้ง 10 ประเทศ และในประเทศอื่นๆ ที่อาเซียนเห็นสมควรให้มีการจัดตั้งคณะกรรมการอาเซียนในประเทศที่สามจะทำ หน้าที่ให้ข้อมูลและวิเคราะห์ท่าทีของประเทศที่คณะกรรมการอาเซียนตั้งอยู่
สำนักเลขาธิการอาเซียนซึ่ง ตั้งอยู่ที่กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย ทำหน้าที่เป็นศูนย์ประสานงานในการดำเนินความร่วมมือระหว่างประเทศสมาชิก มีเลขาธิการอาเซียนเป็นหัวหน้าผู้บริหารสำนักงานเลขาธิการอาเซียนจะได้รับ การเสนอชื่อและแต่งตั้งโดยประเทศสมาชิก (ตามลำดับตัวอักษรภาษาอังกฤษของชื่อประเทศสมาชิก) และมีรองเลขาธิการอาเซียน 4 คน โดย 2 คนมาจากประเทศสมาชิกอาเซียนเรียงลำดับตามตัวอักษรชื่อภาษาอังกฤษของประเทศ และอีก 2 คนมาจากการคัดเลือกในระบบเปิด สำนักเลขาธิการอาเซียนจะมีหน่วยงานเฉพาะด้านที่ดำเนินความร่วมมือในด้าน ต่างๆ ทั้งทางการเมือง เศรษฐกิจ สังคมและวัฒนธรรม
ในขณะที่กรมอาเซียนของประเทศ สมาชิกจะทำหน้าที่เป็นสำนักเลขาธิการแห่งชาติของแต่ละประเทศ ประสานงานกับหน่วยงานต่างๆ ของประเทศตนในการดำเนินกิจกรรมความร่วมมือในสาขาต่างๆ นโยบายหลักในการดำเนินงานของอาเซียนเป็นผลมาจากการประชุมหารือในระดับ หัวหน้ารัฐบาล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ รัฐมนตรีเศรษฐกิจ และรัฐมนตรีในสาขาความร่วมมือต่างๆ ของประเทศสมาชิกอย่างไรก็ดี โครงสร้างของอาเซียนรวมทั้งสำนักเลขาธิการอาเซียนตามที่กล่าวมาข้างต้นได้ถูกปรับเปลี่ยนตามกฎบัตรอาเซียนที่มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 15 ธ.ค. 2552